Laboratoria

Spis treści

Intensywnie rozwijające się badania naukowe wymagają coraz bardziej zaawansowanych narzędzi. Wśród nich ogromną rolę pełnią narzędzia informatyczne, wspomagające prowadzenie efektywnych badań od momentu ich projektowania, aż po opracowywanie wyników.

Cyfronet, poprzez śledzenie najnowszych rozwiązań i tworzenie własnych opracowań, stara się wypełniać ważny obszar swojej misji wsparcia nauki. Na te potrzeby powstały specjalistyczne laboratoria.

Laboratorium Technologii Chmurowych

Laboratorium Technologii Chmurowych zajmuje się projektowaniem i eksploatacją chmury dla nauki, a także narzędzi służących efektywnemu korzystaniu z niej. Zespół opracowuje kompleksowe środowiska dostępu do rozproszonych danych, uwzględniające zarówno kwestie bezpiecznego składowania i przetwarzania danych w chmurze, jak i wygodne interfejsy dostępowe (portale, aplikacje) dla użytkownika końcowego.

Mając na uwadze dynamiczny rozwój nowych technologii przetwarzania i składowania danych w chmurze, Laboratorium w trybie ciągłym prowadzi prace badawcze i publikuje wyniki. Korzystając z wiedzy eksperckiej zespołu, aktywnie wspiera inicjatywy naukowe, w tym międzynarodowe projekty i e-infrastruktury.

Flagowym produktem Laboratorium jest Onedata: globalnie skalowalny system zarządzania danymi, ujednolicający dostęp do danych przechowywanych w rozproszonych systemach. Onedata równie dobrze odpowiada na potrzeby zarówno małych grup użytkowników, jak i dużych, międzynarodowych środowisk naukowych. System umożliwia użytkownikom korzystanie z jednorodnego systemu zarządzania danymi zarówno do przechowywania danych osobistych jak i związanych z pracą zawodową, np. wyników badań, oraz daje możliwość dostępu do nich w wydajny sposób z dowolnego urządzenia.

Onedata jest aktualnie uruchomione w ramach kilku infrastruktur europejskich, w tym w projektach: PLGrid, INDIGO-DataCloud, EGI Data Hub oraz Human Brain Project. W projekcie HBP Onedata wykazało możliwość dostarczenia systemu zarządzania danymi pozwalającemu na spełnienie wymagań przepustowości dla aplikacji wizualizacji przekrojów mózgu w czasie rzeczywistym.

Wybrane publikacje na temat Onedata:

Więcej informacji na stronie: https://onedata.org.

Kontakt: Łukasz Dutka, lukasz.dutka (at) cyfronet.pl

Laboratorium Przetwarzania Danych

Laboratorium Przetwarzania Danych projektuje i wdraża dedykowane aplikacje i platformy software'owe dla zastosowań w różnych dziedzinach nauki. Laboratorium tworzą specjaliści w zakresie architektur oprogramowania, programowania Front-end i Back-end, projektowania interfejsów użytkownika i user experience, DevOps, testowania, analityki wymagań. Kierunkami specjalizacji zespołu są przede wszystkim:

  • opracowywanie nowatorskich metod pozyskiwania wiedzy z dostępnych danych,
  • rozwój technologii wspierających przetwarzanie danych otwartych,
  • integracja systemów przetwarzania danych i wiedzy z istniejącymi repozytoriami i e-infrastrukturami.

Laboratorium nawiązuje współpracę z renomowanymi jednostkami naukowymi i badawczymi w ramach polskich i międzynarodowych projektów. Efektami współpracy są między innymi:

  • Budowa Portalu Sat4Envi, udostępniającego dane satelitarne z programu Copernicus. Portal umożliwia wyszukiwanie, oglądanie, zamawianie i pobieranie danych satelitarnych oraz ich produktów pochodnych z poziomu przeglądarki internetowej.
  • Opracowanie i utrzymanie Portalu EOSC w ramach serii projektów związanych z European Open Science Cloud (EOSC). Portal zapewnia dostęp do zasobów wielu europejskich e-infrastruktur i infrastruktur badawczych za pomocą zunifikowanego systemu uwierzytelniania użytkownika. Działania EOSC skupiają się wokół realizacji paradygmatu Open Science (otwartej nauki).

Kontakt: Roksana Wilk, roksana.wilk (at) cyfronet.pl

Laboratorium Interdyscyplinarnych Obliczeń Naukowych

Laboratorium Interdyscyplinarnych Obliczeń Naukowych (LION) prowadzi prace badawcze i rozwojowe dotyczące procesów prowadzenia i wspomagania obliczeń naukowych oraz organizacji danych naukowych. Tworzone przez pracowników Laboratorium portale Science Gateways stwarzają możliwość nawiązywania współpracy z podmiotami zewnętrznymi – polskimi i zagranicznymi.

Zadania LION ukierunkowane są także na:

  • realizację grantów naukowych i zleceń przemysłowych,
  • wykorzystywanie wiedzy eksperckiej do rozwiązywania problemów wymagających użycia różnych zasobów obliczeniowych, np. technologii uczenia maszynowego,
  • popularyzację obliczeń wykorzystujących narzędzia tworzone przez Laboratorium wśród użytkowników,
  • wsparcie merytoryczne użytkowników, m.in. poprzez monitorowanie potrzeb, opracowanie dokumentacji, prowadzenie szkoleń.

Zespół LION, współtworząc wcześniej Laboratorium Przetwarzania Danych, opracował autorskie środowisko programistyczne InSilicoLab, obejmujące zestaw zaawansowanych narzędzi i bibliotek programistycznych pozwalających na budowę i rozwój dedykowanych portali naukowych. Portale bazujące na InSilicoLab są zaprojektowane w taki sposób, aby gromadzić w jednym miejscu całość narzędzi, których badacze potrzebują dla obliczeń in silico. Zaletami są przede wszystkim:

  • łatwe uruchamianie nawet skomplikowanych, długich i wymagających wielu obliczeń, eksperymentów użytkownika,
  • możliwość wygodnego opisu, kategoryzacji i wyszukiwania danych wejściowych lub wynikowych.

Technologię InSilicoLab wyróżnia dążenie do jak największej użyteczności budowanych za pomocą środowiska narzędzi. Ta sfera obejmuje zarówno użyteczność dla rozwiązywania problemów naukowych w danej dziedzinie, jak również przyjazność portalu dla jego końcowego odbiorcy.

Efektami współpracy LIONu z renomowanymi jednostkami naukowymi i badawczymi w ramach polskich i międzynarodowych projektów jest między innymi rozwój EPISODES Platform w ramach serii projektów związanych z European Plate Observing System - EPOS. Portal oraz zorganizowane wokół niego narzędzia są zorientowane na badanie i analizę sejsmiczności oraz innych zjawisk spowodowanych działalnością człowieka (np. eksploatacja zasobów w ramach kopalni, tworzenie sztucznych zbiorników wodnych). Portal jest zintegrowany z europejską infrastrukturą EPOS.

Kontakt: joanna.kocot (at) cyfronet.pl

Laboratorium Obliczeń Kwantowych

Laboratorium Obliczeń Kwantowych powstało w celu prowadzenia prac badawczych w zakresie wykorzystania komputerów kwantowych w obliczeniach i wsparcia obliczeń klasycznych akceleratorami kwantowymi.

Jednym z kluczowych zadań jest śledzenie rozwoju technologii obliczeń kwantowych oraz dostępnych platform akceleratorów kwantowych celem ich wykorzystania w dedykowanych usługach ACK Cyfronet AGH. Współpracujemy z innymi podmiotami badawczymi i partnerami przemysłowymi, zarówno jako konsorcjanci wspólnych inicjatyw, jak i realizując prace zlecone.

W oparciu o własne kompetencje oraz wymianę wiedzy eksperckiej z siecią partnerów, nasz zespół pracuje nad rozwiązaniem problemów stojących na drodze do szerszego i bardziej efektywnego wykorzystania akceleratorów kwantowych w obliczeniach na rzecz nauki i gospodarki.

Działamy również na rzecz popularyzacji obliczeń wykorzystujących akceleratory kwantowe oraz merytorycznego wsparcia użytkowników. W tym zakresie przygotowujemy niezbędną dokumentację i materiały, prowadzimy szkolenia oraz publikujemy wyniki prowadzonych prac badawczych.

Kontakt: Mariusz Sterzel, mariusz.sterzel (at) cyfronet.pl

Laboratorium Metod Informatycznych w Medycynie

Główne zadania Laboratorium Metod Informatycznych w Medycynie skupiają się w dwóch sferach. Pierwszą z nich jest działalność badawcza, obejmująca gruntowną analizę i weryfikację dostępnych oraz potencjalnych odpowiedzi na wyzwania znajdujące się na styku medycyny i technologii informatycznych. Druga obejmuje projektowanie, opracowywanie i późniejszą eksploatację dedykowanych aplikacji i platform dla zastosowań w medycynie. Ten zakres obejmuje również monitorowanie stanu bezpieczeństwa opracowywanego oprogramowania oraz mechanizmów składowania i przetwarzania danych.

Dzięki kompleksowemu ujęciu procesów: od rozpoznania problemu badawczego, poprzez analizę potrzeb użytkowników, aż po ostateczne wdrożenie, Laboratorium skutecznie realizuje swoją misję wsparcia środowiska naukowego i medycznego. W ramach upowszechniania wiedzy eksperckiej, członkowie Zespołu publikują wyniki badań w czasopismach naukowych, biorą udział w przygotowywaniu materiałów informacyjnych i prowadzą konsultacje dla użytkowników.

Pracownicy Laboratorium nawiązują współpracę z renomowanymi krajowymi i zagranicznymi instytutami badawczymi i ośrodkami informatyki medycznej. Efektami są m.in. trwające oraz już zrealizowane projekty z istotnym udziałem członków Zespołu:

  • Sano: Centrum Doskonałości Nowych Metod Diagnostyki Obliczeniowej i Spersonalizowanej Terapii
  • PRIMAGE: Wykorzystanie metod symulacji komputerowej i analizy obrazów w spersonalizowanej diagnostyce raka
  • Virolab: A Virtual Laboratory for Decision Support in Viral Disease Treatment
  • Gliomed: Gliomed „Diagnostyka glejaków na podstawie wolnokrążącego DNA guza"
  • Eurvalve: Wspomaganie spersonalizowanej terapii dla przypadków choroby zastawek serca (Personalised Decision Support for Heart Valve Disease)
  • CECM: Centrum Doskonałości Nowych Metod Diagnostyki Obliczeniowej i Spersonalizowanej Terapii (A Centre for New Methods in Computational Diagnostics and Personalised Therapy)

Wcześniejsza działalność obecnego zespołu Laboratorium jest przedstawiona szczegółowo na stronie: https://dice.cyfronet.pl.

Kontakt: Marian Bubak, marian.bubak (at) cyfronet.pl